El uso de la conjunción "y" para separar el apellido paterno del materno es una costumbre que se afianzó en el s. XIX. Ver:
https://www.genealogiahispana.com/apellidos/cuando-usar-y-entre-los...
Allí donde hallemos evidencia documental del uso contemporáneo, como en este caso, sugiero respetar la forma que la persona misma usó de su nombre. En este caso: Juan de Pedrosa, su padre Bartolomé de Pedrosa. Ver:
https://www.geni.com/profile/308415024260004353/events/600000004680...
Cordiales saludos,
Orlando López Aguiar
